Hallo Philipp,
da komme ich zum Teil nicht so ganz mit, versuche das aber nachzuvollziehen, soweit es geht.
Im einzelnen:
Bitte aktualisiere auf v6.1.13 - oder besser gleich auf v6.2.2 (bzw. Build 4125), nicht zuletzt deswegen:
Btw, dein verlinkter Screenshot zeigt eine v6.2.0? 
Nächster Punkt:
Nein, den gab es zuletzt in der v6.0.11; seit der v6.1 und höher nicht mehr.
Das kann ich nicht nachvollziehen - auch nicht am privaten PC (einer Uralt-Möhre mit HDD). Was das Startverhalten angeht, kann ich zwischen dem privaten alten PC und dem schnelleren Bürorechner keinen merklichen Unterschied feststellen.
Layout und Skin haben hier jedenfalls keinen Einfluss; Hintergrund-Scripts jedenfalls sind bei beiden nicht am Start.
Hast Du denn mal getestet, ob v6.0 (mit Fenster) schneller startet als v6.1 ohne Fenster?
Man sieht sie auch im hellen Zustand, denn das unlinked Symbol ist hellgrau. 
Du hast die Möglichkeit, das Icon auszutauschen / zu ändern. Wir hatten das an anderer Stelle bereits ausgiebig diskutiert.
Generelle Diskussion:
Kurzfassung, in einem anderen Zusammenhang:
In meinem privaten dunklen Skin habe ich auch andere linked / unlinked Icons verwendet.
Reine Geschmackssache.
Konnte ich jetzt nicht nachvollziehen. Könnte das an deiner Gestaltung liegen (gesplitteter Screen)? Auf einem einzigen Bildschirm (Testumgebung) klappt das einwandfrei.
Apropos Ansicht:
“Höher als 100%” verstehe ich nicht. Okay, du hast eine hohe Auflösung (der Screenshot des Playout-Fensters (Download) wird mir mit 2736 * 1744 angezeigt *), aber was ist denn deiner Meinung nach 100% = Referenzwert?
Ich weiß auch nicht, ob das ein mAirList-Problem ist oder nicht eher eins von Windows. Die Icons sind auf bestimmte Größen festgelegt und sollten auch mit handelsüblichen Auflösungen zurechkommen. Bei mir sind es aktuell 1680 in der Breite und demnächst wohl auch 1920 (geplant), aber 2736 - wieviel Zoll entspricht das denn?
Die Schriftarten dürften vermutlich Windows-Sache sein. Die “Verpixelung”, die sich ja auch im Menü zeigt - siehst du die in anderen Programmen nicht?
Hm.
Reden wir bei “Datenbank” tatsächlich über Datenbank-Elemente, deren Einstellungen du auch in der Datenbank abgespeichert hast? Oder hast du Veränderungen in der Playlist selbst vorgenommen, diese mit 
bestätigt und danach die Playlist abgespeichert?
In diesem Fall wurden die Veränderungen an den Elementen nicht automatisch in die Datenbank übernommen (das ist durchaus so erwünscht). Bei dieser Vorgehensweise musst du bei der Bearbeitung des Elements vor dem zusätzlich Exportieren > In Datenbank exportieren durchführen.
Bin gespannt auf deine Rückmeldung.
Gruß, Uli
* Kleiner Tipp am Rande zu eingebetteten Screenshots im Beitrag:
Man kann im Vorschaufenster (rechts) die Anzeige solch großer Screenhots auf 75% oder 50% skalieren. Der Leser des Beitrages kann sie dann per Mausklick auf Originalgröße umschalten.
Beispiel:
