Wenn du damit den Unterschied zwischen Systemsteuerung und Konfiguration meinst: Nein, in dem Fall nicht.
Natürlich sollten die Änderungen in der Systemsteuerung auch dauerhaft in die Konfiguration übernommen werden. Das ist standardmäßig der Fall, kann aber abgeschaltet werden.
Zu dem Zusammenspiel gibt es hier eine Erläuterung:
Nicht, dass ich wüsste, nein.
Davon ist erfahrungsgemäß eher abzuraten; zu Fernsteuerzwecken sollte man dann doch eher Tastenkombinationen benutzen statt Tasten, die in der normalen Eingabe vorkommen (z.B. Datenbanksuche etc.).
Viele Anwender haben sich zu diesem Zweck eine programmierbare Tastatur gekauft, auf denen man entsprechend “exotische” Kombinationen (z.B. Shift+Alt+A) fest hinterlegen kann. Das vermeidet Probleme und man kann mAirList in der Fernsteuerung auch auf globale Hotkeys setzen. 
Klingt nach einem echten Dilemma.
Ich könnte dir jetzt anbieten, dass ich mir das auf deinem Rechner per TeamViewer anschaue, aber das wäre dann kostenpflichtiger Support gemäß Preisliste.